Matej sa narodil v Šaci (okres Košice). Pochádza z hudobníckej rodiny. Obidvaja rodičia pracovali v prešovskom divadle Jonáša Záborského čo by sólisti spevohry. Hudbe sa začal venovať v rannom veku okolo 5tich rokov a v tom istom čase nastúpil aj na Základnú Umeleckú Školu.

Štúdium však vo veku 15 rokov zanechal a namiesto konzervatória sa rozhodol pre gymnázium. „K hudbe ho priviedol“ až Peter Adamkovič, s ktorým sa zoznámil pri práci v Divadle Jonáša Záborského v Prešove, ku ktorému prakticky okamžite nastúpil ako študent.

Rok po dokončení gymnázia Matej Benko nastúpil na vojenskú službu kde pôsobil v BigBande AUS Bratislava. Po dokončení základnej vojenskej služby v roku 2000 nastúpil do Divadla Jonáša Záborského v Prešove a rovnako spolupracoval aj s bábkovým divadlom Babadlo. Zrejme kvôli snahe zlepšiť svoje nadanie tam však Benko dlho nevydržal – ešte v tom istom roku odchádza do Prahy na štúdia k Milanovi Svobodovi a Karlovi Růžičkovi na Konzervatórium Jaroslava Ježka. Počas štúdií bol oslovený profesúrou školy s požiadavkou na výučbu jazzovej interpretácie pre mladšie ročníky. Ponuku samozrejme prijal a pedagogickej činnosti sa okrem iného venoval nasledujúcich 12 rokov.

Matej Benko patrí k popredným Slovenským pianistom, ale vďaka tomu, že dlhodobo pôsobí v Prahe sa mu u nás nedostáva dostatočného uznania. Počas svojej výnimočnej kariéry spolupracoval s špičkou českej jazzovej scény ako napríklad: Milan Svoboda, Robert Balzar, Yvonne Sanchez, Rasťo Uhrík, David Dorůžka, Roman Vícha, Jiří Stivín, Ondřej Štveráček, Michal Žáček, Jana Koubková, Miriam Bayle a mnoho ďalších. V posledných rokoch často spolupracuje aj s popovými spevákmi a kapelami (Richard Müller, Mig 21, Ondřej Ruml, Dan Bárta, Michael Kocáb, Radek Pastrňák, Xavier Baumaxa).

Okrem hrania sa intenzívne venuje aj aranžovaniu, kompozícii (kapela Matej Benko Quintet, spolupráce s Ondrejom Rumlom, projekty Michala Horáčka, skladby pre Duo Teres, divadelní a scénická hudba) a v poslednej dobe tiež piesňam a textom (album “Planety”).